Tak jako všechny viry, také koronavirus, který způsobil smrtelnou pandemii, se mírně mění s tím, jak přechází z jednoho člověka na druhého.
Velká většina těchto mutací je bezvýznamná a nemění způsob, jak se virus chová. Ale některé mutace spustí změny v proteinu ve výběžcích viru (spike protein), který virus používá k tomu, aby se zachytil a vstoupil do lidských buněk. Tyto varianty mohou potenciálně být nakažlivější, způsobovat vážnější nemoc nebo se vyhýbat vakcínám. Takové varianty už byly identifikovány ve Velké Británii, v JAR a Brazílii, a rozšířily se do desítek dalších zemi. Minulý týden přední americký představitel v oblasti zdraví varoval, že při šíření vysoce nakažlivé varianty hrozí vytvoření potenciální čtvrté vlny případů v zemi. Brazilská varianta se zdá nakažlivější a dokáže se vyhnout imunitě, kterou skýtá předchozí nákaza. Britská varianta je zodpovědná za velký díl nových případů nákazy v USA a v Evropě.
Genomoví detektivové v celém světě pátrají po těchto nových znepokojivých mutacích. Vědci jsou schopni zjistit změny sekvenováním genomu viru poté, co byl proveden výtěr u na každého pacienta. Rozlousknou genetický kód viru (v podstatě otevřou „návod na jeho použití“) a začnou mapovat mutace. Indie byla pátou zemí ve větě, která sekvenovala genom nového koronaviru izolovaný u prvních zaznamenaných případů v jihoindickém státě Kerala v lednu loňského roku. Od té doby země zaznamenala více jak 11 mil. případů (takže stojí hned za USA) a více jak 150 000 úmrtí na tuto nemoc. Ale až teď začíná Indie zesilovat dříve omezený systém dohledu na mapování genetické historie místních vzorků viru Sars-CoV-2, který způsobuje covid-19. Klíčové na načasování: pár indických států hlásilo nárůst počtu nakažených přesto, že množství případů v zemi výrazně pokleslo. Přirozeně zde byly obavy, že nové varianty viru mohou být důvodem nárůstu. V Indii zatím zjistili 242 případů tří cizích variant (především britské) v populaci. Vědci říkají, že není pravděpodobné jejich spojení s nedávným nárůstem počtu nakažených, který se z velké části přičítá tomu, že lidé poolevili v ochraně poté, co došlo k strmému poklesu případů. Ale genomoví vědci také vyšetřují 2 varianty objevené ve státech Maháráštra a Telangána, kde došlo k nárůstu nákazy.
„Sbíráme další vzorky z této oblasti, abychom vypátrali, zda tyto dvě varianty mají spojení s nárůstem případů,“ řekl dr. Sujeet Kumar Singh, ředitel indického Národního centra pro kontrolu nemocí. V lednu skupina genomových vědců vyjádřila obavy ve zprávě říkající, že „se v Indii zatím nesekvenovalo na plnou kapacitu, kdy bylo uloženo pouze asi 6400 genomů z více jak 10,4 mil. zaznamenaných případů (tj. 0,06 %).“ Nově založené konsorcium 10 genomových laboratoří dostalo za úkol zvýšit sekvenování a rychle hlásit výsledky.
„Musíme stále monitorovat a ujišťovat se, že se žádná z variant zájmu nešíří v populaci. Skutečnost, že se tak neděje v tuto chvíli, však neznamená, že k tomu nemůže dojít v budoucnosti. A my se musíme ujistit, že důkazy získáme dostatečně brzy,“ řekl dr. Shahid Jameel, přední virolog v zemi.
Proto je genomové sekvenování významné. Pro začátek má Indie rozpočet 14 mil. USD (10 mil. GBP) na podporu úsilí o sekvenování. Cílem je sekvenovat 5 % vzorků, které byly testovány pozitivně prostřednictvím standardních testů PCR (polymerase chain reaction), které izolují genetický materiál z vzorku z výtěru, a mají vysokou virovou nálož.
„To je zvládnutelný cíl,“ řekl dr. Anurag Agarwal, ředitel Ústavu genomiky a integrační biologie (IGIB) v Dillí, přední genomové laboratoře. V posledních 10 měsících Indie sekvenovala více jak 6000 vzorků koronaviru z 22 států, aby zjistila, jak se virus v populaci mění (převážná většina měla jedinou variantu viru, kterou patrně přivezli cestovatelé z Evropy). Bylo zaznamenáno více jak 7600 mutací, z nich většina nemá žádná důsledek, podle slov dr. Rakesh Mishry, ředitele Centra pro buněčnou a molekulární biologii (CCMB) v Hajdrabádu.
V Bangalore bylo objeveno více mutací viru než v kterémkoli jiném městě, dle vědců z Indického institutu věd. Vědci naznačují, že virus dnes mutuje rychleji než dříve – 3 kmeny identifikované v Bangalore měly 27 mutací ve svém genomu, s více jak 11 mutacemi na vzorek, což je více než národní průměr (8,4) a globální průměr (7,3).
Není snadné sekvenovat v měřítku tak velké a rozmanité země, jako je Indie. Laboratoře musí vyzvednout vzorky lokálně. Na tuto práci existují různé platformy s různou úrovní automatizace. Činidla jsou drahá a musí se dovážet. Vzorky se skladují v lednici a stroje mapují genomy. Sekvenování vzorku může stát až 75 USD. Vzorky musí odebírat trénovaný personál, skladovat ve zvláštních kontejnerech a dodávat do laboratoří z různých míst v zemi. Indické státy, jako je Kerala, si v tomto vedou lépe než jiné: Kerala posílá každý týden 25 vzorků z každého okrsku na genomové sekvenování do laboratoře v Dillí.
Sekvenování vzorku obvykle trvá až 48 hodin. Ale když potřebujete sekvenovat vzorky od zahraničních cestovatelů, kteří byli drženi v izolaci, musíte to provést rychleji. Dr. Mishra říká, že jeho laboratoř objevila způsob, jak identifikovat specifickou variantu za 24 hodin bez dokončení celé sekvence. Prof. Ravindra Kumar Gupta, virolog z Cambridge, řekl, že sekvenování je vysoce žádoucí, abychom pochopili, co se s koronavirem děje. Ale přitom by ho zajímalo, zda země, jako je Indie, která do zdravotnictví příliš neinvestuje, by byly schopné odklonit zdroje, aby bylo možné zvýšit sekvenování.
„Podle mě je sekvenování důležité. Ale nejdůležitější věc je vakcinovat další a další lidí. Sekvenování samotné nezachrání mnoho životů ani nezmění politiku.“
Podle slov ministra zdravotnictví Harsh Vardhana, bylo hledání variant zintenzivněno s tím, jak Indie „vstupuje poslední fáze pandemie“.
„Indie je v dobré pozici. Počet případů i úmrtí je nízký, nemocnice nejsou zahlcené a vakcinace nabírá na rychlosti,“ řekl dr. Mishra. „Jediná věc, která by to mohla narušit, by byla nová nebezpečná varianta, která by mohla být i domácího původu.“
***
Nový český antigenní test na bazi slin vyrábí společnost Bakter Medical. Testy doporučují přední čeští odborníci, protože podle českých laboratorních výsledků mají velkou shodu s PCR testy. Testy lze snadno provádět i ne-zdravotníky a nevyžadují laboratorní vybavení. Vhodné pro testování do firem, domov důchodců, škol nebo sportovních klubů. Testy lze provádět z domova před schůzkou, návštevou rodiny, příchodem do zaměstnání nebo odchodem na různé akce. Více o testech se můžete dovědět na stránkách https://www.baktermedical.cz/